魔法少女×ロボット! 異次元侵略者との戦いを描く2作目! 異次元からの侵略者”アバタール”との戦いから数週間。 ユウガとひとみは対侵略者機関D3の長官、ユリカに呼び出されていた。基地では、もう一人の異次元から逃げのびた少女、ソルヴィと出会う。 戦いの合間、少年少女達はつかの間の平和を過ごしていた。 だが、新たなアバタール”マリス”の出現によって事態は一変する。 かつての因縁を持つリオはマリスに追い詰められていき……