中央教会の記録によれば、天空樹は塵の中からそびえ立ち、人類を瀕死と絶望から救い、高くそびえる雲へと導いた。何年が経ったかは不明だが、かつて慈悲と愛の象徴であった天空樹は根元から腐敗し、美しい世界のユートピアはゆっくりと崩壊しつつある。このような背景の中、フェトは敬愛する養父の謎の死の真相を探るため、修道女で幼馴染のシーナと共に中層への旅に出る。彼らの運命はあなたの手に委ねられている。