西暦2784年。未来研究者・神代悠真は文明開発システム実験中の事故により、文明の存在しない原始世界へ転移する。傷付いた少女リリアを救った悠真は、未来知識とAIシステムを武器に、火起こし、狩猟、農耕、住居建設を進め、ゼロから文明を発展させていく。やがて新たな仲間サラ、ミヤを迎え、ハーレムミッションが始動。文明発展率を高めた先で、4人を待っていたのは未来世界への帰還と新たなミッションだった――。