とある事件を経て記憶と親を失った少女が、かつて住んでいた因縁の街へと戻ってきた。そこに突如現れ、襲撃を仕掛ける謎の宇宙生命体。しかし、彼女には"彼ら"と戦う「魔法少女」の力が備わっていた……。そして次々と迫りくる敵との戦いの中で、少女は離れ離れになっていた幼馴染みと再会し――。