とある事件を経て記憶と親を失った少女が、かつて住んでいた因縁の街へと戻ってきた。そこに突如現れ、襲撃を仕掛ける謎の宇宙生命体。しかし、彼女には"彼ら"を封じる「魔法少女」の力があり、今は共に戦う仲間もいた……。そして魔法少女らは、触手を伸ばして次々と迫る敵の脅威を退けていくが――。