どこにでもいる普通の女の子・真島みりむは、魔法少女マジカルみりむに変身して、悪の組織・バドエンダーと日夜戦っていた。その日、自分が通う学校にバドエンダーが現れたと聞いたみりむは、魔法少女に変身して学校に乗り込んだ。 …気が付くと、みりむは保健室のベッドに手足を拘束されていて…。